Озёра
В парке насчитывается около 26 озёр разных размеров, общей площадью 1 484,2 га. На долю трёх наибольших озёр (Плателяй, Илгис и Бержорас) приходиться до 90% общей площади. Структура дна этих озёр довольно сложная, в каждом из них есть острова (7 островов в озере Плателяй, 2 – в Илгис и 1 – в Бержорас). Наиболее живописным чистым и глубоким озером в Парке есть озеро Плателяй. Его площадь - 1 205 га, средняя глубина – 10,5 м, самое глубокое место – 47-метровая впадина, высота над уровнем моря – 146,5 м, протяжность береговой линии – около 31 км.
В Парке есть и множество маленьких озёр, 23 из них площадью до 5 га каждое, а 10 водоёмов площадью до 1 га каждый и которые не считаются озёрами.
В озёрах Бургис и Луока есть растительность харовой водоросли. В озёрах Бургис, Бургалис и Скиплайчай растительность харовой водоросли носит бентический характер. Согласно директиве ЕС о растительности, вышеуказанные озёра могут быть классифицированы как олиго-мезотрофные водоёмы с бентическими харовыми водорослями. Озёра Вайваде (Петрейкис), Бургис, Эндрюшкайчу, в особенности их торфяные заливы, богаты зарослями телореза и рдеста.
Несколько мелких озёр Парка окружено болотистой территорией (Лестис, Пиктежеоис, Аклаэжерис), которые относят к природным дистрофическим озёрам. В них практически отсутствует флора, вода коричневая из-за торфа и гумусных кислот.
Реки
Бабрунгас – самая большая река Парка, берёт свое начало из озера Плателяй; её длина – 47,3 км, 10 км из которых протекает по территории Парка. В тоже время, река Уошна считается самой длинной рекой, так как 13,3 км из общих 16,6 км протекают по территории Парка. Кроме упомянутых рек, насчитывается 32 ручейка, 17 из которых протекают только по территории Парка и 30 берут своё начало здесь; общая протяжность ручейков 103,5 км. Большая часть рек и ручейков (51%) была восстановлена или подкреплена.
Также в Парке имеется несколько родников, некоторые из них имеют сакральное значение. Источники Плокшчай (3,2 га) и Пилелис (2,4 га) считаются природными монументами. Туристы с лёгкостью могут добраться к родникам Святого Иоанна и Пилелис.