Valstybinės saugomų teritorijų tarnybos prie Aplinkos ministerijos direktoriaus 2009 m. gruodžio 4 d. įsakymu Nr. V207 patvirtintas neturinčių direkcijų valstybės įsteigtų saugomų teritorijų ir "Natura 2000" tinklo teritorijų paskirstymas saugomų teritorijų direkcijoms.
Žemaitijos nacionalinio parko direkcijai priskirtų teritorijų sąrašas.
Valstybinės saugomų teritorijų tarnybos prie Aplinkos ministerijos direktoriaus 2006 m. birželio 16 d. įsakymu Nr. 103 V saugomų teritorijų direkcijoms yra pavesta:
● nustatyta tvarka vertinti priskirtų nacionalinių saugomų teritorijų būklę, teikti informaciją apie ją bei pasiūlymus jai pagerinti;
● priskirtose Natura 2000 teritorijose:
- vykdyti Europos Bendrijos svarbos natūralių buveinių ir rūšių monitoringą pagal LR aplinkos ministro patvirtintus Valstybinės aplinkos monitoringo programos įgyvendinimo priemonių planus, vertinti buveinių ir rūšių apsaugos būklę;
- nustatinėti planuojamos ūkinės veiklos įgyvendinimo poveikio šioms teritorijoms reikšmingumą LR aplinkos ministro 2006-05-22 įsakymu Nr. D1-255 nustatyta tvarka;
- teikti pasiūlymus dėl reikalingų apsaugos ir tvarkymo priemonių įgyvendinimo, kad būtų išsaugotos esamos ir atkurtos pažeistos natūralios buveinės, saugomų rūšių gyvūnų ir augalų populiacijos iki palankios būklės.