Buveinių apsaugai svarbios teritorijos (BAST) ribos sutampa su Žemaitijos nacionalinio parko ribomis, išskyrus Platelių ir Ž. Kalvarijos urbanistinius draustinius, rekreacinio ir žemės ūkio prioriteto zonas. BAST plotas – 17957 ha.
ŽNP teritorijoje yra nustatyta 16 iš 54 Lietuvoje identifikuotų saugotinų europinės svarbos buveinių tipų:







ŽNP teritorija patvirtinta BAST dėl europinės svarbos trijų augalų rūšių bei devynių gyvūnų rūšių apsaugos:
Dvilapis purvuolis (Liparis loeselii). Orchidinių šeimos daugiametis 8–20 (25) cm aukščio augalas. Parke gausiausios dvilapio purvuolio populiacijos žinomos Siberijos, Briedinės ir kitose šarmingose žemapelkėse, tarpinėse pelkėse, kur yra gerai išsivysčiusi samanų ir neaukštų žolių danga. Įrašytas į Lietuvos raudonąją knygą bei į Buveinių Direktyvos (BD) II ir IV priedus.
Žvilgančioji riestūnė (Hamatocaulis vernicosus). Samana, auganti žemapelkėse, tarpinio tipo pelkėse, upių pakrantėse, palei šaltinius. Gausiausiai auga Siberijos pelkėje. Įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II priedą.
Mažasis varpenis (Botrychium simplex). Tai daugiametis iki 15 cm aukščio žolinis driežlielinių šeimos augalas, besidauginantis sporomis. Vėlyvojo ledynmečio laikotarpio reliktas. Dažniausiai įsikuria briedgaurynų bendrijose. 1996 m. ŽNP teritorijoje, Uošnos ir Juodupio upelių santakos slėnyje atrasti keli individai yra vienintelė reali šio augalo radimvietė Lietuvoje. Įrašytas į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II ir IV priedus.

Didysis auksinukas (Lycaena dispar). Gyvena šlapiose pievose, paupiuose, paežerėse, drėgnose pamiškėse. Drugiai skraido birželio – liepos mėn. Vikšrai minta rūgštynės gudažolės, vandeninės rūgštynės lapais, o rudenėjant įsirausia į paklotę prie mitybinių augalų žiemoti. ŽNP pavieniai drugiai aptinkami prie bebraviečių, užpelkėjusiose tarpukalvių, drėgnose paupių pievose. Įrašytas į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II ir IV priedus.
Auksuotoji šaškytė (Euphydryas aurinia). Aptinkama natūraliose ir pusiau natūraliose humusingose krūmokšniais apaugusiose pievose, pamiškėse su melsvąja melvene, smulkiomis viksvomis apaugusiose žemapelkėse ir šarmingose pelkėse kur auga pievinė miegalė. Skraido gegužės pabaigoje – birželio mėn. Vikšrai minta miegalės, gysločio, veronikos lapais. ŽNP rastos dvi populiacijos, gyvenančios Siberijos ir Paburgės pelkėse. Įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II priedą.

Šarvuotoji skėtė (Leucorrhinia pectoralis). Veisiasi nedideliuose eutrofiniuose, mezotrofiniuose silpnai rūgščiuose ežerėliuose su gausiai augančiomis viksvomis, švendrais. Suaugėliai skraido birželio mėn. netoli vystymosi vietų. ŽNP ši rūšis dažna bebravietėse ir jų prieigose. Įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II ir IV priedus.
Dvijuostė nendradusė (Graphoderus bilineatus). Gyvena ir veisiasi švariuose ežeruose ar kūdrose, senvagėse, kurių pakrantėse veši viksvos, asiūkliai, puplaiškiai ir kt. Tiek suaugėliai, tiek lervos daugiausia aptinkami saulėtoje telkinio dalyje apie 30 cm gylyje. Lervos maitinasi planktoniniais vėžiagyviais. ŽNP atrasta Rotinėnų tvenkinyje, Iešnalio, Pakastuvos ežeruose. Įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II ir IV priedus.
Keturdantė suktenė (Vertigo geyeri). Tai pilvakojis 1,7 x 1,2 mm moliuskas aptinkamas ant samanų, augalų liekanų kalkingose, labai drėgnose vietose (žemapelkėse, užpelkėjusiuose apyežeriuose). ŽNP žinoma vienintelė šios rūšies radimvietė Siberijos pelkėje. Įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II priedą.
Ovalioji geldutė (Unio crassus). Tai dvigeldis moliuskas gyvenantis negiliuose, švariuose, tekančiuose vandenyse su smėlio arba smulkaus žvyro dugnu. Gali išgyventi iki 80 m. ir užaugti iki 11 cm ilgio. ŽNP ši rūšis gyvena Babrungo ir Uošnos upėse. Įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II ir IV priedus.

Skiauterėtasis tritonas (Triturus cristatus). Uodeguotiesiems varliagyviams priklausanti rūšis, kuriai reikalingos vandens ir sausumos buveinės. Veisimosi metu gyvena giliose neuždumblėjusiose kūdrose, esančiose miškų laukymėse, pamiškėse, parkuose. Vasaros viduryje išlipa į sausumą. Čia lieka žiemoti. ŽNP aptiktas Platelių parke bei Mikytų kraštovaizdžio draustinyje. Įrašytas į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II ir IV priedus.
Lūšis (Lynx lynx). Šis katinių šeimos žinduolis gyvena dideliuose spygliuočių ir mišriuose miškuose su tankiu pomiškiu, išvartomis, pelkėtais plotais. Gerai laipioja medžiais. Tinkamiausios lūšims miškų buveinės driekiasi ŽNP rytinėje dalyje. Įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II ir IV priedus.
Ūdra (Lutra lutra). Kiauninių šeimos žvėrelis, gyvenantis prie gėlų vandens telkinių. Puikiai plaukioja ir nardo. Slepiasi urvuose, bebrų trobelėse, pakrančių nendrynuose. Negausiai paplitusi visoje ŽNP teritorijoje, dažnesnė Uošnos, Varduvos, Pietvės aukštupiuose. Įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą bei į BD II ir IV priedus.