Didžiausia Parko upė Babrungas išteka iš Platelių ežero; jos ilgis - 47,3 km, 10 km teka Parko teritorija. Ilgiausia upė - Uošna, jos ilgis 16,6 km, Parke –13,3, iš jų 3 km numelioruota. Jos aukštupys yra gerokai aukščiau Burgio ežero. Be minėtų upių, Parke suskaičiuojami 32 upeliai, iš jų 17 teka tik Parko teritorijoje. Šių upelių bendras ilgis - 103,5 km, apie trisdešimties upelių pradžia yra Parke. Didesnė dalis Parko upelių ir upių (51%) yra melioruotos, tiesintos (visas Ventos, Varduvos aukštupys, Šarnelės, Pagardenio upės ir kitos). Parke teka Blindupis, trys Juodupiai, keli Šaltupiai, Šilinė, Salupis, Sartupis, Margupis, Dvarupis, Dirnupis, Ringupis, Beržuoja, Beržora, Ilgė, Pietvė, Rasodnikas, Lonkupis ir dar daugybė mažų, net bevardžių upelių. O kiek čia šaltinių, akių, akivarų - legendomis apipintų, gydomųjų, paslaptingų! Lankytojams lengvai prieinamas Šv.Jono, Pilelio šaltiniai, Stirbaičiuose gyvybingi Godelių, Vengalio; Plokštinės rezervate trykšta Mėtų, Plokščių, Juodupio bei kiti įdomūs, kai kurie sakralinę reikšmę turintys šaltiniai.
