Parke užregistruota 673 savaiminės kilmės, 138 svetimžemės augalų rūšys bei 214 samanų rūšių. Iš visų rastų augalų rūšių 66 įrašyta į Lietuvos Raudonąją knygą. Čia auga ir visoje Europoje saugomos rūšys: mažasis varpenis (Botrychium simplex), dvilapis purvuolis (Liparis loeselii), žvilgančioji riestūnė (Hamatocaulis vernicosus). Parke rasta ir ledynmečio augalų reliktų: šakotoji ratainytė (Cladium mariscus), kupstinė kūlingė (Trichophorum cespitosum), raistinė viksva (Carex magellanica), daugiametė blizgė (Lunaria rediviva), laplandinis karklas (Salix lapponum), raktažolė pelenėlė (Primula farinosa).
Augmenijos žinovus stebina žalsvažiedės blandies (Platanthera chlorantha), paprastosios tuklės (Pinguicula vulgaris), dėmėtosios (Dactylorhiza maculata), gelsvosios (Dactylorhiza ochroleuca) ir baltijinės (Dactylorhiza longifolia) gegūnių, dvilapio purvuolio (Liparis loeselii), širdinės dviguonės (Listera cordata) labai gausios populiacijos. Čia aptikta kol kas vienintelė reali mažojo varpenio (Botrychium simplex) augimvietė. Kai kurių rūšių augalams Parko teritorija yra paplitimo riba; šiaurinė - miškinei mėtai (Mentha longifolia), šiaurės vakarinė – paprastajam sinavadui (Aquilegia vulgaris), rytinė – kupstinei kūlingei (Trichophorum cespitosum).
