Parke yra išskirti 2 gamtiniai rezervatai – Plokštinės ir Rukundžių. Rezervatuose nevykdoma miškų, žemės ūkio ir kita ūkinė veikla. Draudžiamas miško gėrybių rinkimas, medžioklė, pažintinis turizmas. Lankytis galima tik mokslo tiriamaisiais tikslais, turint ŽNPD leidimą.

Plokštinės rezervato tikslas - išsaugoti etaloninį Žemaitijai Plokštinės miškų ir pelkių kompleksą su šiam regionui būdingomis biocenozėmis, išlikusiomis retosiomis augalų, grybų ir gyvūnų rūšimis, natūraliais Juodupio bei Uošnos upeliais ir unikalia geomorfologine struktūra išsiskiriančiu Plokščių termokarstiniu duburiu.
Rukundžių rezervatas saugo unikalų pelkėtų miškų bei Aklaežerio ir Pietvės upelio gamtos kompleksą.
