Wälder sind eine der wichtigsten Ökosysteme des Nationalparks. Sie haben eine reiche Artenvielfalt von Pflanzen, Tieren und Pilzen. Die Ausbreitung der Wälder und ihr Zustand beeinflussen die Qualität der Luft, des Wassers und der Landschaft.
Die Wälder betragen fast 45% des Territoriums des Nationalparks. Die Wälder sind in Gruppen eingeteilt: I. Gruppe (Reservate)- 9%, II. Gruppe (Schutz der Ökosysteme und Rekreation)- 31%, III. Gruppe (Schutzzonen)-36%, IV. Gruppe(wirtschaftliche)- 24%. Es herrschen Tannenwälder(47%), es gibt auch Kieferwälder (26%), Birkenwälder (13%), Weißerlenwälder (4,4%), Eichenwälder (4,1%).Ein Teil der Wälder des Nationalparks von Niederlitauen entspricht den Forderungen der beschützten Wälder der EU.