In den Seen Burgis und Luokis gibt es Wasserlinsenkolonien, in den Seen Burgis, Burgalis und Skyplaičiai- Algenkolonien. Alle diese Seen können nach der Direktive der EU dem Typ der Seen mit Algenpopulation zugeordnet werden. Die Seen Vaivadė (Petreikis), Burgis, Endriuškaičiai, besonders ihre torfigen Buchten sind mit Laichkraut bewachsen. In diesen Seen gibt es vielen natürlichen Nährstoffen. Sie werden dem Typ – natürliche eutrophische Seen mit Laichkrautpopulation zugeordnet. Im Park gibt es kleine Seen, die von Mooren umgeben sind. Sie werden dem Typ- natürliche distrophische Seen zugeordnet. In diesen Seen gibt es fast keine Pflanzen, das Wasser ist wegen Torf und Humussäuren braun. Solche torfige sumpfige Seen sind Lestis, Piktežeris, Aklaežeris.