Im Park gibt es 2 Naturreservate ─ Plokstine (810 ha) und Rukundziai (245 ha). In Reservaten wird keine Forstwirtschaft und Landwirtschaft geführt. Pilze- und Beerensammeln, Jagd, Tourismus sind verboten. Reservate darf man nur mit Erlaubnis der Direktion des Nationalparks Niederlitauens (ZNPD) besuchen.
Das Ziel des Reservats Plokstine ist das Komplex der Wälder und Moore Plokštinė aufzubewahren mit typischen für diese Region Biozönosen, seltenen Pflanzen-, Pilzen- und Tierarten, natürlichen Bächen Juodupis, Uošna und Mulde Plokščiai mit einer eigenartigen geomorphologischen Struktur.
Das Reservat Rukundziai schützt eigenartigen Naturkomplex mit sumpfigen Wäldern, dem See Aklaežeris und dem Bach Pietve.