Zurzeit sind im Nationalpark mehr als 440 Arten von Pilzen und 280 Arten von Fechten bekannt, 35 Arten von Pilzen und 15 Arten von Fechten sind in das Rote Buch Litauens eingeschrieben. Im Park gibt es solche seltenen Arten von Pilzen wie Langermannia gigantea, Otidea onotica, Lactarius lignyotus, Lactarius scrobiculatus, Porphyrellus porphyrosporus u.a. Es gibt auch seltene Arten von Fechten- Arthonia vinosa, Lobaria pulmonaria, Phaeophyscia endophoenicea u.a.
Im Park sind 2 in Litauen neue Arten von Pilzen und 13 von Flechten gefunden.