Das Relief des Nationalparks Niederlitauens hat der Gletscher vor 10-12 Tausend Jahren formiert. Das ganze Territorium des Parks liegt im nord-westlichen Teil der Anhöhe Niederlitauens (Žemaičių aukštuma). Man unterscheidet:
1. Hügelgebiet Plateliai (der höchste Hügel 188 m)
2. Erdhügel Barstyčiai (der höchste Hügel 189 m, durchschnittliche Höhe – 149-154 m)
3. Hügelgebiet Plokštinė (der höchste Hügel – 190 m, Schluchten 159 m)
4. Die Mulde Plateliai (Seen Plateliai).
Die tiefste Stelle des Parks auf dem Festland befindet sich 2 km süd-westlich von dem See Ilgis – 106 m über dem Meeresspiegel, die tiefste Stelle im Wasser – 47 m im See Plateliai.
Auf dem Territorium des Parks herrscht der hügelige Relief und hügelige Ebenen. Die Abhänge der Hügel sind 3,1 m – 19,2 m hoch, durchschnittliche Höhe der Abhänge ist 6,3 m. Die meisten Abhänge sind 1° - 3°, weniger gibt es Abhänge von 7° bis 11°, am wenigsten gibt es steile Abhänge mehr als 15°. Auf dem Territorium Litauens gibt es 748 mm Niederschläge pro Jahr, im Park – 1000 mm. In Litauen verdunsten 78% der Niederschläge, im Park – 56%. Der Rest der Niederschläge gelangt in die Flüsse.