Der größte Fluss des Nationalparks der Babrungas entspringt im See Plateliai, seine Länge ist 47,3 km, 10 km fließen durch den Park. Der längste Fluss im Park ist die Uošna, ihre Länge ist 16,6 km, 13,3 km gehören zum Park. Die Gesamtlänge der Bäche ist 103,5 km, etwa 30 Bäche entspringen im Park. Der größte Teil der Flüsse und Bäche im Park (51%) sind melioriert.
Auf dem Territorium des Parks gibt es viele Quellen, manche Quellen haben sakrale Bedeutung. Die Quellen Plokščiai (3,2 ha) und Pilelis (2,4 ha) sind Naturdenkmäler. Für die Besucher sind die Quellen St. Jonas und Pilelis leicht erreichbar.